Vaihtoehdoista puhuttaessa käytetään usein käsitettä 3R, joka tulee englanninkielisistä sanoista ”replacement, reduction, refinement”. Niillä tarkoitetaan eläinkokeiden korvaamista, vähentämistä ja inhimillistämistä.Koe-eläinmäärää vähentävät ja eläinten hyvinvointia lisäävät menetelmät ovat erittäin tärkeitä silloin, kun eläinten käyttöä korvaavaa menetelmää ei vielä ole. Hyvä tilastotieteellinen suunnittelu auttaa tarvittavan eläinten vähimmäismäärän laskemisessa. Koe-eläinten kivun ja stressin lievittämiseksi on tehtävä perusteellinen suunnitelma ennen koetta. ”Refinement” sisältää myös koe-eläinten elinympäristön parantamisen, virikkeiden tarjoamisen ja lajikohtaisten sekä yksilöllisten tarpeiden tyydyttämisen.

3R -käsitteen loivat tutkijat Russell ja Burch jo vuonna 1959.
Eläinkokeita korvaavat menetelmät
Korvaavat menetelmät voivat korvata kokonaan koe-eläinten käytön, jolloin eläintä ei tarvitse tappaa edes kudosten ottamista varten tai ne voivat korvata elävällä eläimellä tehtävän kokeen. Vaihtoehtoiset menetelmät korvaavat vain harvoin eläinkokeen suoranaisesti niin, että tulokset olisivat täsmälleen samat kuin eläinkokeella. Sen sijaan on mahdollista kehittää rajattomasti menetelmiä, jotka korvaavat eläinkokeita välillisesti, antamalla erilaista mutta yhtä arvokasta tietoa.
Jo nyt vaihtoehtomenetelmien avulla on säästetty arviolta jopa miljoonien koe-eläinten henki. Tekniikat kehittyvät jatkuvasti ja luovat yhä enemmän mahdollisuuksia eläinkokeiden korvaamiselle. Tuskalliset eläinkokeet olisi eettisistä syistä jätettävä historiaan, vaikkei niille löytyisikään hyvää vaihtoehtoa.
Eläinkokeita korvaavat menetelmät eivät ole selvärajainen ryhmä, sillä vain harvaa menetelmää käytetään pelkästään eläinkokeen vaihtoehtona. Esimerkiksi kudosviljelytekniikoita käytetään suurimmaksi osaksi sellaisten solutason ilmiöiden tutkimiseen, joita ei voitaisi edes tutkia eläinkokein. Silti kudosviljely- eli in vitro -tekniikat ovat ylivoimaisesti tärkein eläinkokeita korvaavista menetelmien ryhmistä. Muita pääryhmiä ovat tietokoneiden käyttö, kemiallis-fysikaaliset menetelmät, kivuntunnoltaan kehittymättömien eläinten käyttö ja ihmisillä tehtävä tutkimus.
Monia asioita voidaan elävien eläinten sijasta tutkia eristetyillä soluilla ja kudoksilla eli kudosviljelyn avulla. Esimerkiksi syöpätutkimuksessa ja kemikaalien myrkyllisyyden testauksessa kudosviljely on korvannut merkittävästi eläinten käyttöä.
Kivuntunnoltaan kehittymättömiä eliöitä, kuten kasveja, bakteereja ja hiivasoluja, voidaan joissakin tapauksissa käyttää selkärankaisten eläinten sijasta.
Kemiallis-fysikaaliset menetelmät ja tietokoneet soveltuvat monissa tapauksissa korvaamaan eläinkokeita. Tietokoneita voidaan käyttää uusien lääkkeiden suunnittelussa, kemikaalien myrkyllisyyden ennustamisessa, opetuksessa ja tietokantojen ylläpidossa niin, että turha päällekkäistutkimus vähenee.
Ihmistä itseään olisi mahdollista tutkia riskittömästi hyvin monella tavalla. Saatava tieto on erittäin arvokasta ja vähentää tarvetta eläinkokeisiin. Juliana von Wendtin Säätiö on ottanut käyttöön kudosluovutuskortin, jonka allekirjoittamalla jokainen voi kuoltuaan lahjoittaa kudoksensa lääketieteelle ja siten vähentää eläinkokeita.